Suomesta löytyi uusi koronavariantti – tartuttamiskyvystä ja rokotteen tehosta haetaan vasta tietoa
Variantti saattaa näkyä aiempia huonommin PCR-testeissä, kertoo sen löytänyt laboratorio. Professori pitää löydöstä merkittävänä.
Suomalaislaboratorio Vita Laboratoriot kertoo löytäneensä Etelä-Suomesta uniikin, suomalaisen koronavirusvariantin.
Käytännössä tässä Fin-796H-variantissa on mutaatioita, joita on löydetty myös esimerkiksi Britannian tai Etelä-Afrikan varianteista. Mutaatioiden yhdistelmä on kuitenkin Vita Laboratorioiden mukaan uniikki.
– Tämä on viime viikolla löydetty potilaasta, eli esimerkiksi viruskannan tartuttavuudesta tai leviämisalttiudesta, rokoteväistöstä ei tiedetä vielä mitään, sanoo mikrobiologi ja dosentti Taru Meri Vita Laboratorioista.
Vielä ei myöskään tiedetä, missä variantti on kehittynyt. Todennäköistä kuitenkin on, että se on kehittynyt jossakin muualla kuin Suomessa, sillä täällä koronavirustartuntoja on ollut verrattain vähän moniin muihin maihin verrattuna.
Virukset muuntuvat jatkuvasti, ja virusvariantin löytäminen Suomesta oli käytännössä vain ajan kysymys. Mitä enemmän tutkitaan, sitä enemmän uusia muutoksia havaitaan.
Helsingin yliopiston zoonoosivirologian professori Olli Vapalahden mukaan samantyyppisiä viruksia on löydetty, mutta niissä ei ole ollut täsmälleen samoja mutaatioita.
Vapalahden mukaan muunnoksesta on vaikea sanoa vielä enempää, ennen kuin viruksen sukupuu tunnetaan paremmin.
Turun yliopiston virusopin professori Ilkka Julkusen mukaan toistaiseksi saadun tiedon valossa muunnos ei välttämättä näytä huolestuttavalta.
– En olisi valtavan huolissani vielä, koska meillä ei ole selvää tietoa siitä, että tämä uusi kanta tarttuisi helpommin tai vaikuttaisi jo sairastetun taudin tai rokotuksen tuomaan immuunisuojaan.
THL viestitti Ylelle, että ajankohtaiset tiedot virusvarianteista kerrotaan koronatiedotustilaisuudessa torstaina, eikä THL kommentoi asiaa erikseen keskiviikkona.
Variantti ei näy osassa PCR-testeistä
Vita Laboratorioissa uuden variantin löytymistä pidetään merkittävänä, sillä laboratorion variantti ei välttämättä näy vain yhtä geenialuetta tunnistavissa PCR-koronavirustesteissä.
PCR-testi on geenimonistustesti, joka otetaan nenänielusta. PCR tunnistaa tarkan alueen kohteensa perimästä.
Jos testillä tunnistetaan vain yhtä geenialueetta, voi silloin muuntunut virus jäädä huomaamatta. Siksi menetelmässä tunnistetaan usein ainakin kahta eri geenialuetta.
– Tämä tunnistamattomuus – että ne mutaatiot on nyt sattuneet sille alueelle, mihin tämä PCR-tunnistus perustuu – se on se tärkein tieto tästä mutantista tällä hetkellä. Mitä se kliinisesti sitten on, sen näyttää tulevaisuus, Taru Meri sanoo.
Professori Ilkka Julkusen mukaan tämä tarkoittaa sitä, että laboratorioissa pitää olla jatkuvasti valppaana, jotta diagnostiikkaa saadaan päivitettyä ajan tasalle.
Olli Vapalahden mukaan löydös mutaatioiden vaikutuksesta diagnostiikkaan on merkittävä.
– Toki tämä on mielenkiintoinen löydös. Erityisesti se, että PCR-testi toimii huonommin tätä vastaan, on tärkeä tieto.
Diagnostiikassa voidaan käyttää eri geenialueita. Testejä siis saadaan mukautettua sen mukaan, miten virus muuntuu.
Vita Laboratorioiden mikrobiologi Taru Meri sanookin, että uuden virusmuunnoksen valossa täytyy olla tarkkana PCR-testien soveltuuvuudesta.
– Jos olisi menetelmä, joka tunnistaisi vain N-geeniä, saattaisi olla, että tämä näyte olisi jäänyt negatiiviseksi. Siltä osin tässä on kansainvälistä merkitystä ainakin analytiikan osalta.
Mitä variantin mutaatioista tiedetään nyt?
Sars-Cov-2-koronaviruksesta on varsin paljon variaatioita, selvästi yli toistakymmentä kehityslinjaa, joista toistaiseksi kolme tai neljä ovat herättäneet huolta.
Jokainen variantti on yhdistelmä lukuisia erilaisia mutaatioita. Erilaisia cocktaileja tunnetaan jo lukuisia, ja määrä kasvaa entisestään, kun virusten perimää tutkitaan aiempaa ahkerammin.
Vita Laboratorioiden mukaan uudesta Fin-796-muunnoksesta ei löydy Britannian, Etelä-Afrikan ja Brasilian variantteja yhdistävää N501Y-mutaatiota, joka on liitetty hanakampaan tarttuvuuteen.
Muunnoksesta löydettiin kuitenkin E484K-mutaatio, jonka on arveltu Etelä-Afrikassa tehneen viruksesta immuunipuolustukselle vaikeamman vastustajan.
Vaikutukset eivät välttämättä ole riippuvaisia vain yksittäisistä aminohapoista, vaan kyse on viruksen pinnan kokonaisrakenteesta ja siitä, miten immuunipuolustus tunnistaa viruksen.
Variantti sai nimensä harvemmin tavatusta mutaatiosta
Uusi suomalaisvariantti on saanut nimensä harvinaisemmasta D796H-mutaatiosta.
Aikaisemmin sitä on tavattu potilailla, joiden pitkittynyttä koronavirusinfektiota on hoidettu toipilasplasmalla eli koronasta parantuneiden potilaiden veren vasta-aineilla.
Tutkijat ovat arvioineet, että tämä mutaatio voisi olla yksi viruksen työkaluista, joilla se taistelee vanhoja vasta-aineita vastaan.
Ilkka Julkunen korostaa, että vaikka yksittäisillä mutaatioilla voi olla jonkinlainen merkitys, liittyy immuunisuojan murtuminen usein moniin yhdenaikaisiin mutaatioihin viruksen rakenteessa.
– Yksittäisistä aminohappomuutoksista ei aina voi sanoa tarkkaan, onko juuri se muutos syy johonkin viruksen ominaisuuteen.
Myös kolmelle maailmalla huolestuttaneelle variantille tyypillinen D614G-mutaatio löytyy suomalaisen variantin perimästä.
Eläinmallien perusteella sen on arveltu lisäävän viruksen määrää ylähengitysteissä.
Eläinmallit toimivat mahdollisina tienviittoina ja työkaluina viruksen toiminnan hahmottamiseen, mutta koe-eläimet, kuten hamsterit, ovat ihmistä paljon pienempiä ja anatomialtaan erilaisia.
Vaaditaan yhä paljon immunologista tutkimusta ennen kuin muunnosten oikeista vaikutuksista taudin kuvaan tai leviämiseen voidaan tehdä johtopäätöksiä.
Tutkimus variantista jatkuu
Vita Laboratoriot jatkaa tutkimuksia yhdessä Helsingin yliopiston Biotekniikan Instituutin kanssa.
Seuraavaksi variantille tehdään koko genomin sekvensointi, joka mahdollistaa muutosten analysoinnin. Tämän jälkeen sitä voidaan verrata muihin tunnettuihin varianttisekvensseihin.
Se, miten variantti mahdollisesti vaikuttaa infektioon, jää nähtäväksi.
– Se kiinnostaa, löytyykö varianttia lisää esimerkiksi jäljityksen avulla lähipiiristä ja olisiko muita ominaisuuksia, jotka vaikuttaisivat infektioon. Ja toki, löytyykö genomisekvenssistä muilla tärkeillä analytiikkaan liittyvillä alueilla muutoksia, jotka pitää tulevaisuudessa kaikkien huomioida, mikrobiologi Taru Meri sanoo.
17.2. klo 19:53 korjattu Vita Laboratorioiden nimen kirjoitusasu oikeaksi.
